Задолго до создания в 1696 году в России регулярного военного флота русские люди славились как отважные мореходы и совершили крупные географические открытия, которые стали достоянием мировой науки.
Однако лишь в царствование императора Петра I – основателя Российского флота – пришло осознание государственной значимости подробных исследований и описаний морей, рек и озер. С начала 18 века начались систематические гидрографические работы на Балтийском и Каспийском морях, стали издаваться морские карты, без которых ни флот, ни другие государственные институты не могли успешно решать свои задачи.
(1) 13 октября 1827 года начало работу, незадолго созданное до этого, Управление генерал-гидрографа, положившее начало гидрографической службе российского военного флота.
Первым генерал-гидрографом стал вице-адмирал Гавриил Андреевич Сарычев (1763–1831).
В 1837 году Управление преобразовано в Гидрографический департамент. В 1885 году на основе его было создано Главное гидрографическое управление при Морском министерстве.
В настоящее время ответственность за поддержание навигационной безопасности общего мореплавания возложена на Управление навигации и океанографии Министерства обороны Российской Федерации. В оборонной области оно следит за поддержанием на должном уровне систем навигационно-гидрографического, гидрометеорологического и топогеодезического обеспечения сил ВМФ и других видов Вооруженных Сил Российской Федерации в океанских стратегических районах и морских зонах.
Это учреждение традиционно находится в Санкт-Петербурге.