Вячеслав Александрович Малафеев родился 4 марта 1979 года в Ленинграде (сегодня — Санкт-Петербург). Когда ему было 9 лет, он стал заниматься футболом. Вячеслав является воспитанником СДЮШОР «Смена», тренерами которой был В.П. Савин и В.В. Вильде.
В 1997 году он с отличием окончил футбольную школу «Смена» и пришёл в команду «Зенит-2». С 1999 года он вошёл в петербургский футбольный клуб «Зенит», за который выступал на протяжении всей карьеры. В основном составе команды он впервые сыграл 7 июля 1999 года в матче против «Алании» на чемпионате России.
С этого же года играл за молодёжную олимпийскую сборную России, а в следующем году участвовал в сборах национальной сборной России. В ноябре 2003 года состоялся его первый матч в составе Сборной команды России против Уэльса. Вячеслав является бронзовым призёром чемпионата Европы 2008 года, чемпионом России по футболу в составе «Зенита» в 2007 году.
В 2004, 2006, 2009 и 2012 годах он входит в состав 33 лучших футболистов по итогам чемпионата России, в 2007 и 2012 годах он был назван лучшим российским вратарем, имел титул «вратарь года» в 2003, 2007 и 2012 годах. В списках лучших вратарей мира 2008 года он занимает 15 место, а по версии болельщиков «Зенита» он был назван лучшим игроком сезона 2011/12.
Также он является одним из авторов сценария и продюсеров серии документальных фильмов о лучших вратарях мира «Вся жизнь в перчатках».
Заслуженный мастер спорта России Вячеслав Малафеев в мае 2016 года завершил спортивную карьеру, но остался в футболе — в 2017-2020 годах он занимал пост заместителя спортивного директора «Зенита» по общим вопросам.
В настоящее время Малафеев занимается бизнесом, являясь владельцем агентства недвижимости, а также участвует в различных телепроектах. Он женат в третий раз. От двух предыдущих браков у него дочь и двое сыновей. Живёт и работает в Санкт-Петербурге.
