Мария Ильинична Милославская родилась (1) 11 апреля 1625 года (по другим данным в 1624 или 1626 годах) в Москве, в семье боярина Ильи Даниловича Милославского.
По традиции, начавшейся со времени Ивана ΙΙΙ и его жены Софьи Палеолог, для выбора супруги московскому царю был устроен смотр невест из русских красавиц. На смотр к Алексею привели почти двести девушек. Свой выбор он остановил на Евфимии Фёдоровне Всеволожской, дочери касимовского помещика.
Царь отправил ей платок и кольцо в знак обручения. Однако, согласно сообщению Олеария, свадьба была расстроена боярином Борисом Морозовым, обладавшим при дворе большой властью. Он желал породниться с царём, женив Алексея Михайловича на одной из сестёр Милославских, а себе взяв в жёны другую. Он подкупил парикмахера, и тот во время обряда наречения царской невесты так стянул девушке волосы, что она упала в обморок. Подкупленный Морозовым врач усмотрел в этом признаки падучей болезни. Отца невесты обвинили в сокрытии болезни и со всей семьёй отправили в ссылку в Тюмень.
Боярин Морозов представил царю другую невесту – Марию Ильиничну Милославскую. Мария была на 4 года старше Алексея Михайловича и отличалась благочестием и благотворительностью. Девушка была красивой, доктора признали её здоровой.
Свадьба отпразднована была не совсем обычным способом: по настоянию царского духовника не были допущены при этом «кощуны, бесовские играния, песни студные сопельные и трубное козлогласование», а вместо того «устроены» были песни духовные. Венчание состоялось 16 января 1648 года в Москве.
Будучи царицей Мария Ильинична занималась благотворительностью - выделяла средства на устройство по городам госпиталей для больных и увечных, на восстановление и обустройство церквей и монастырей. За время брака она родила Алексею Михайловичу 13 детей - 5 сыновей и 8 дочерей, в том числе Федора, Ивана и Софью.
Умерла Мария Ильинична (3) 13 марта 1669 года в Москве, была похоронена в Вознесенском соборе Вознесенского девичьего монастыря Московского Кремля.
